一元论一直面临一个问题，那就是天主既然是善，可是为什么允许恶的存在？恶是从哪里来的？对于这个问题的处理，基督教以奥斯丁的答案为标准。奥斯丁说善是一种存在，恶不是一种存在，恶是善的缺失，比如说健康是一种存在，但是疾病不是一种存在，疾病是健康的缺失。“疾病是健康的缺失”，这个答案比较拗口，而且也不符合语法，可以说这种答案就是玩弄模糊的文字游戏。应该说，健康和疾病都是一种状态，都不是一种存在，人的身体才是存在。
那么恶是从哪里来的呢？恶来自于不完美。只有天主是完美的，一切创造物都是不完美的。如果有一种创造物是完美的，那么这个创造物就是天主，而天主不能创造出另外一个天主来。不完美就意味着瑕疵和缺陷，所以自然界和人类都是有缺陷的，这种缺陷就是恶。
正因为不完美，天主才能进行创造。宇宙来自于大爆炸，如果从大爆炸的时候起，正粒子和反粒子完美的对称产生的话，正负粒子都会湮灭，宇宙就不会产生。物理学家发现，从大爆炸的时候起，每10亿个粒子里多出一个正粒子，正因为这一个多出来的正粒子，累积的结果才有宇宙的存在。
宇宙是不完美的，这种不完美表现为相对性和有限性。天主是绝对的、无限的，宇宙和人类都是相对的、有限的。这种相对和有限表现为资源的匮乏、性格的缺陷、判断的错误，这都会导致痛苦。人类既然这么痛苦，天主为什么还要创造人类呢？答案是天主可能无法不创造人类。天主有意识，有意识就会有意识活动，宇宙和人类就是天主意识的产物。
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